처음에 버그 있는 상태로 올렸다가 수정했는데 혹시 처음 올린 걸로 받으신 것 같습니다.

스크립트 마지막에 "window.onload=new function(\" init(); \");"으로 되어 있다면
"window.onload=init;" 으로 바꾸어주세요.

애드온 사용 체크를 하시면 페이지에 이런 자바스크립트가 생성되는게 정상입니다.

<script type="text/javascript">
 function init() { 

 shortcut.add("alt+S", function() {
 window.location = "/zbxe/school"; return false; });   //--> 이건 단축키 설정대로 나타납니다.

 shortcut.add("a", function() {
 window.location = "/zbxe/home"; return false; });   //--> 이건 단축키 설정대로 나타납니다.

 function keypressed(zbxe_shortcut_e) {
            return false;
        }

   document.onkeydown = function (zbxe_shortcut_e) {
        if(typeof(zbxe_shortcut_e) !="undefined")
        { keypressed(zbxe_shortcut_e); }
        else
        { keypressed(); };
       }

 window.onload=init;
 </script> 

제 컴퓨터 상에서 인형고양이님의 사이트를 파폭3와 IE7로 테스트해보니 알파벳 단축키가 잘 되는데요.
혹시 관리자 화면과 INPUT 입력 상자에 커서가 가 있으면 단축키가 입력되지 않게 되어 있어서
그런 건 아닐런지 모르겠네요.

조만간 업데이트 한 번 할 때 동일한 애드온 상황에서 다시 확인해볼께요.

if($addon_info->shortcut1 != null) $script_shortcut .= "
 shortcut.add(\"$addon_info->shortcut1\", function() {
 window.location = \"$addon_info->href1\"; return false; });
";